Institut Teknologi Kalimantan memulai proses perkuliahan pada tahun 2012. Pada tahun tersebut, ITK menerima mahasiswa angkatan pertama sebanyak 100 mahasiswa dan didistribusikan ke 5 program studi awal ITK, yaitu: Teknik Elektro, Teknik Mesin, Teknik Perkapalan, Teknik Kimia dan Teknik Sipil. Jalur penerimaan mahasiswa ITK tersebut dilakukan melalui Seleksi Masuk ITK (SMITeK) yang merupakan hasil kerjasama antara Institut Teknologi Sepuluh Nopember (ITS) Surabaya dengan Pemerintah Propinsi Kalimantan Timur, melalui beasiswa Kaltim Cemerlang.

Permasalahan tata ruang (spasial) yang semakin dinamis disamping tuntutan akan pembangunan ekonomi yang berkelanjutan meningkatkan kebutuhan akan sarjana unggul bidang perencanaan wilayah dan kota. Oleh karena itu, Institut Teknologi Kalimantan membuka Program Studi Perencanaan Wilayah dan Kota (PWK) mulai tahun 2013. Melalui jalur SMITek dengan membuka jalur mandiri nasional untuk calon mahasiswa baru, ITK menerima mahasiswa Prodi PWK bersamaan dengan 4 prodi lainnya yang baru dibuka seperti Teknik Material dan Metalurgi, Fisika, Matematika, dan Sistem Informasi. Program studi ini menfokuskan diri pada studi perencanaan, perancangan, pemanfaatan, pengelolaan, dan pengendalian ruang kota, wilayah, dan pesisir yang terpadu. Pada tahun 2013, PWK mendapatkan 12 mahasiswa yang merupakan putra-putri Kalimantan Timur dengan didukung oleh beasiswa Kaltim Cemerlang.

Pada tahun 2014, SMITeK diselenggarakan lagi melalui 2 jalur, yaitu Seleksi Lokal Berbeasiswa Pemprov Kaltim Cemerlang dan Seleksi Bersama Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SBMPTN). Pada tahun ini pula ITK diresmikan sebagai PTN oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Dari tahun 2012 sampai dengan tahun 2014, ITK memiliki total mahasiswa sebanyak 263 mahasiswa yang melakukan kegiatan akademik dan proses perkuliahan di kampus ITS Surabaya. Pada tahun 2015, kegiatan akademik dan proses perkuliahan dipindahkan ke Kampus ITK Karang Joang, Balikpapan.